Το Γυμνάσιο Μώλου κατέχει δύο αίθουσες διδασκαλίας. Τις υπόλοιπες τέσσερεις που χρησιμοποιεί για τις ανάγκες του, τις παίρνει από ΓΕ. Λ. Μώλου.
Επίσης έχει μία αίθουσα πληροφορικής μία αίθουσα και μία αίθουσα μουσικής. Τέλος εκτός από το γραφείο των διδασκόντων του σχολείου διαθέτει και μία αίθουσα βιβλιοθήκης.
Στο κτιριακό συγκρότημα των Γυμνασίου και ΓΕ. Λ. Μώλου, εκτός από το κτίριο του ΓΕ. Λ. Μώλου, υπάρχουν, μία αίθουσα πολλαπλών εκδηλώσεων ένα γήπεδο καλαθοσφαίρισης, ένα γήπεδο πετοσφαίρισης και βεβαίως το κυλικείο του σχολείου και οι τουαλέτες των μαθητών και μαθητριών.